同仁医院（又名ST.LUKE’s HOSPITAL）创建于清同治五年（1866年），是上海地区成立最早的近代医院之一，为美国圣公会所办的教会医院，曾经是圣约翰大学医学院的附属教学医院。
首任院长文恒理最初在今塘沽路大名路附近设立以门诊为主的诊疗所，取名同仁医局，两年后扩大规模更名为同仁医馆，1880年医院再加扩大，定名为同仁医院，当时床位仅19张，后几度迁址。
1947年9月，定址今万航渡路1561号。该院所需经费极大部分依靠国内外社会各界的捐助，资金相当拮据，发展困难，许多病房为铁皮活动简房。解放初期，年门急诊量仅2万人次。
解放后，人民政府加强对该医院进行扶植，1955年，上海市人民政府卫生局正式接管该院，定名为上海同仁医院，同时兴建1200平方米的医疗用房，床位从79张增到119张。同年，国家副主席宋庆龄视察了该院的小儿科病房，对医院的卫生、消防、工会等工作给予了极大的关心。1957年，该院划归长宁区政府领导，改名为上海市长宁区同仁医院，1966年文革期间，更名为东方医院。1977年，医院迁址于上海市愚圆路786号，1979年恢复同仁医院院名，床位增加到200张。
1988年，新建了建筑面积达5870平方米的八层病房大楼，床位增到330张。同年，该院成立了圣约翰大学医学院校友会顾问团，指导、支持和协助同仁医院医疗业务的开拓和专业技术的培训工作，承担了各科疑难病例的会诊，重大手术的决策，手术指导和示范， 1989年，顾问团帮助该院开设了心血管内科病房。
同年，长宁区同仁医院成功地施行了心脏二尖瓣狭窄分离术，在同级区属医院中为领先。1992年，被市卫生局批准为第二医科大学的教学医院，每年接纳第二医科大学、上海职工医学院、松江卫生学校等大中专生的实习，承担医疗、放射、护理等教学工作。
1994年，长宁区同仁医院评为二级甲等医院，同年，急诊大楼建成启用。1995年又通过教学医院的验收。目前，该院占地面积3908.32平方米，使用建筑面积17303.4平方米，固定资产5887万元，已走过一百多年历程的同仁医院现已发展为医疗、教学、科研、预防为一体的综合性二级甲等医院，长宁区文明单位。
★获得上海市卫生系统文明单位 长宁区文明单位、长宁区卫生系统个性党组织、医院团总支被评为上海市五四特色红旗团组织、长宁区五四特色红旗团组织标兵、长宁区五四红旗团组织 ；
★介入诊疗中心 被评为上海市红旗班组、上海市卫生系统先进集体；
★特需医疗服务中心被评为上海市用户满意明星班组、内科四病区 心监病房被命名为上海市“共青团号”；
★妇科 被评为长宁区巾帼文明岗、
★急诊科 被评为上海市卫生系统先进集体、上海市卫生系统“共青团号”等荣誉。
★近年来，有2人被评为上海市劳动模范、获国务院特殊津贴； 1 人获得先后被评为上海市专业技术人才、上海市卫生系统文明职工、 1 人被评为市新长征突击手、 1 人被评为市青年岗位能手、 1 人获得上海市卫生系统银蛇奖提名、 26 人分别被评为区青年人才希望奖、区十大杰出青年提名奖、区有突出贡献青年人才、区个性青年人才、区十佳女医师、区新长征突击手、区个性团干部等，他们的成长为医院的持续发展提供了后劲。
★近三年来，长宁区同仁医院先后 承担部级科研 1项、市级科研6项、区级项目9项 ，其中《动脉灌注内支架置入双介入治疗消化道梗阻》获得 上海市科学进步三等奖 ；《双介入法姑息性治疗晚期胰腺恶性肿瘤的临床研究》获得 上海市科学进步二等奖 ；《双介入法姑息性治疗晚期胰腺恶性肿瘤的临床研究》获得 上海市科委科学技术成果奖 ， 4项课题通过成果鉴定 。
★ 近三年来， 开展新技术、新项目 50 多项 ；
★多次至德国等地参加国际学术交流；
★发 表论文 275 篇；承担 21 项科研任务，取得显著科研成果：
★通过市区科技成果鉴定 6 项
★获市科技成果进步二等奖 1 项、三等奖 2 项；
★获区科技成果进步一等奖 1 项、二等奖 2 项；
★1 项科研项目被市卫生局列入“医学科技成果推广应用研究项目”同时被卫生部推荐为“十年百项”推广项目；
★参与国家九五攻关科研项目并通过总结验收， 1 项科研成果填补了国内空白